Su depolarının izolasyonu, çatı izolasyonu, teras izolasyonu gibi durağan yüzeylerin sudan tecrit edilmesinden farklıdır. Su depoları hareketli suyun olduğu alanlardır. Yani; depolara su dolup kullanılarak boşalmakta ve yeniden su dolmakta bu esnada duvarlara binen yük azalıp artmaktadır. Su deposu yalıtımı işleminde en çok dikkat edilmesi gereken konu su deposu yalıtım malzemesidir. Seçilen malzemenin esneklik, uzama ve buhar geçirgenliği çok önemlidir.
Su deposu yalıtım işleminin ikinci önemli kısmı da uygulama detayıdır. Hareketli alanlardan olan su boruları ve taşma savaklarının çok iyi izole edilmeleri gerekmektedir. Köşe detayları özellikle iki kere kontrol edilmelidir. Membran bitiş noktalarında, şamandra kaynaklı oluşabilecek su taşmalarına karşı özel önlem alınmalıdır. Bu da su deposu temizliği işleminde olduğu gibi, sadece su depoları üzerinde uzmanlaşmış, tecrübeli bir uygulayıcı su deposu yalıtımı firması ile çalışmayı gerekli kılar.